学院设有12个直属二级学院，另有针灸推拿职业学院（洛阳）联合办学的二级学院。建立了艾滋病研究所、肝病研究所、老年医学研究所、中风病治疗中心、心血管病研究所、肿瘤病研究所、儿科研究所、中药研究所、针灸推拿研究所、仲景学术研究中心等20余个研究机构；实验大楼建筑面积1万m2，设有分析测试中心、中医药与分子生物学实验室、药理药效实验室等院级实验室，教学科研仪器设备价值10158万元，建有600 m2符合国家清洁级标准的动物实验中心，水浸标本室有各类中药及水浸标本5000多种，所藏水浸标本在全国同类院校中规模最大，制作技术最先进，在国内外有一定的影响。图书馆藏书61.2万册，国内外各种期刊1370余种。并拥有现代电子图书系统、计算机网络服务系统和中医药文献检索中心。学院主办的学术期刊《河南中医》、《中医学报》在国内外公开发行，其中《河南中医》2004年获得了国家教育部全国高校科技期刊评比一等奖。

　　学院有三所附属医院，总床位1632张，集教学、医疗、科研于一体，是全省中医药的龙头、中心和我院的临床教学基地。第一、第二附属医院为全国三级甲等医院，其中一附院为全国百佳医院、全国示范中医院、卫生部中药临床药理基地、全国中药制剂及剂型改革基地，新落成的26层病房大楼设置床位1022张，是河南省重点建设项目，建筑面积4万m2；第二附属医院是一所集医疗、教学、科研为一体的现代化综合性中医院。医院设备先进，环境优美，医术高超，服务一流，设有病床500张；第三附属医院以针灸推拿为特色，有数十名国家级、省级专家坐诊，为省级中医院。学院的56所非直属附属医院和教学实习医院，为学生提供了可靠的后期临床、科研、教学保证。

硕士学位授权学科、专业

共有7个硕士学位授权一级学科，涵盖医学、法学2个学科门类，53个二级学科。

 

中医学（1005）：涵盖13个二级学科（中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献、方剂学、中医诊断学、中医内科学、中医外科学、中医骨伤科学、中医妇科学、中医五官科学、中医儿科学、针灸推拿学、民族医学）

 

中药学（1008）：不设二级学科

 

中西医结合（1006）：涵盖2个二级学科（中西医结合基础、中西医结合临床）

 

药学（1007）：涵盖6个二级学科（药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学）

 

基础医学（1001）：涵盖7个二级学科（人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学、放射医学、航空航天与航海医学）

 

临床医学（1002）：涵盖18个二级学科（内科学、儿科学、老年医学、神经病学、精神病与精神卫生学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、临床检验诊断学、护理学、外科学、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、康复医学与理疗学、运动医学、麻醉学、急诊医学）

   马克思主义理论（0305）：涵盖6个二级学科（马克思主义基本原理、马克思主义发展史、马克思主义中国化研究、国外马克思主义研究、思想政治教育、中国近现代史基本问题研究）