拥有国家内河航道整治工程技术研究中心、山区桥梁与隧道工程国家重点实验室培育基地、交通土建工程材料国家地方联合工程实验室等3个国家级平台，桥梁结构工程交通行业重点实验室、水利水运工程教育部重点实验室、山地城市交通系统与安全重庆市重点实验室等34个省部级平台，西南水运科学研究所、沙漠土壤化研究院等20余个研发机构。在山区桥隧、路基路面、内河港航、单轨交通、运输物流等领域取得了一批有影响力的成果，先后获国家科技进步奖、国家发明奖12项，省部级科技奖300余项。公开发行《应用数学和力学》《重庆交通大学学报》（自然科学版、社会科学版）等学术刊物。