依托1952年建校时的化学工程与工艺（原化工部重点学科、现为辽宁省重点学科）、应用化学（原化工部重点学科、现为辽宁省重点学科）等，并较早设置药学的本科（1999）和研究生（2002）的培养方向，2002年设制药工程本科专业，2006年药物化学二级硕士点获准授权（100701），2007年单独招生。2008年药物化学学科进入沈阳化工大学校级重点学科。主要研究方向有：1、天然活性物质的结构改造及抗肿瘤活性研究；2、抗感染药物的研究；3、促智药物的研究；4、无机药物化学的研究；5、甾体化合物合成与抗癌活性研究；6、药物及有机中间体的合成。