研究生培养校区主要在山东农业大学北校区。

全日制学术型硕士研究生学制3年，每生每学年学费8000元。全日制专业学位硕士研究生学制2年，会计专业每生每学年学费15000元，其余专业每生每学年学费8000元。同时国家和学校设立助学金、国家奖学金、校长奖学金、推免生奖学金、创新人才奖学金、学业奖学金、三助岗位、助学贷款和延期资助等多元奖助贷体系。

非全日制专业学位硕士研究生学制3年，会计、公共管理专业每生每学年学费15000元，其他专业每生每学年学费8000元。非全日制学生在校期间不享受奖助学金待遇、不安排住宿。原则上非全日制硕士研究生招收在职定向就业人员。