学校拥有3个国家重点学科、2个国家重点（培育）学科、37个省部（市）一级重点学科、18个博士后科研流动站。学校科研实力雄厚，建有北碚国家大学科技园、1个国家重点实验室、1个国家工程技术研究中心、1个省部共建国家重点实验室培育基地、10个教育部或农业部重点实验室、2个国家野外科学观测试验站、2个农业部综合实验站、2个国土资源部野外基地、3个教育部工程研究中心、2个国家创新引智基地、3个教育部创新团队、1个教育部人文社会科学重点研究基地。近五年来，学校科研立项数量和经费大幅增长，年增幅均达33%以上，获“973”“863”国家社会科学基金重大委托项目等国家级项目700余项，获得授权专利800余项，育成动植物新品种30个，出版专著600余部，发表各类论文13000余篇。“十二五”以来获国家科技进步二等奖1项、省部级奖近100项。