新疆财经大学作为自治区全日制财经类重点高等院校，现有经济学、管理学、法学、文学、理学、工学等6个学科门类，拥有应用经济学一级学科博士学位授权点、8个一级学科硕士学位授权点、13个专业学位硕士授权点。拥有1个自治区优势学科，2个自治区特色学科，2014年获批应用经济学博士后科研流动站。现有42个本科专业、4个国家级特色专业、1个教育部综合改革试点专业、16个国家级一流本科专业建设点、3个自治区级一流本科专业建设点，4个自治区重点专业、4个自治区实验教学示范中心，

学校现有16个院部，设有丝路经济与管理研究院、霍尔果斯研究院、喀什地区经济发展研究院，拥有哈萨克斯坦研究中心、中亚研究中心2个教育部国别区别研究中心，中国（新疆）与中亚区域经济合作研究中心、新疆企业发展研究中心、新疆社会经济统计研究中心和新疆财政与金融协同创新研究中心等4个自治区普通高校人文社会科学重点研究基地。设有国家汉语水平考试（MHK）新疆考点和英国雅思考试（IELTS）新疆考点。