学院十分注重科研工作，在少数民族教育研究、哈萨克文化研究、基础数学研究和伊犁经济文化研究等方面形成了一定的优势和特色。目前，设有哈萨克文化研究所、教育科学研究所、中亚研究所、应用数学研究所、凝聚态物理与材料设计研究所（与南京大学共建）、资源与生态研究所（与中国科学院新疆分院共建）、园林科学研究所、阿依特斯艺术研究中心、伊犁学研究中心等科研机构，新疆唐加勒克研究会也挂靠在学院。这些机构为凝聚学科队伍、构建科研创新体系和更好地服务于区域经济与社会发展搭建了平台。