环境科学与工程学科包括环境科学、环境工程两个二级学科。我校于1998年获得“环境工程”硕士学位授予权，开始招收环境工程方向研究生。2003年获得“环境科学”硕士学位授予权。2005年获得“环境工程”二级学科博士学位和“环境科学与工程”一级学科硕士学位授予权。2012年获得“环境科学与工程”一级学科博士学位授予权。2010年“环境工程”学科被评为北京市重点学科。现设有“北京高校环境污染控制与资源化工程研究中心”和学校四大中心之一的“资源与环境研究中心”，并与化工学科一起建有“膜分离过程与技术北京市重点实验室”。全系现有教学科研人员25人,其中双聘院士1人、教授6人、副教授10人，具有博士学位者21人，占教师数的84%，有海外学习背景者15人。现有在读博士研究生10多人、硕士研究生160多人、外国留学生2人。

通过学校“211工程”三期和“985特色平台”的重点建设，环境科学与工程学科已经具备了一定的规模和较好的条件。现建有“环境工程专业实验室”，可为水污染控制、固废处理与利用、大气污染控制、环境监测与评价等方向提供较好的实验和研究条件。在北校区建有“北京高校环境污染控制与资源化工程研究中心”，为研究成果的工程转化提供了平台和基地。近年来，科学研究取得了显著进步，在研项目有国家自然科学基金项目、国家“973”计划、“863”计划、“十一五”和“十二五”科技支撑计划、中美国际合作项目、环保部和农业部公益项目、土资源部项目、农业部研究项目、教育部重点研究项目和横向课题等，年科研经费逾千万元。近些年来，在国内外发表了多篇SCI收录的高质量的研究论文（包括国际顶级期刊Science），出版教材专著10多本，其中有4本获北京市精品和“十一五”国家规划教材。此外，积极开展国际交流与合作，分别与美国加州大学、华盛顿州立大学、北卡州立大学、密西根州立大学、俄亥俄州立大学、加拿大多伦多大学、英国女王大学等国外知名高校建立了长期合作关系，包括开展合作研究、联合培养研究生等。