本学科发端于建院伊始即创建的舰艇指挥专业，教学、科研和人才培养历史悠久，1993年获得作战指挥学二级学科硕士学位授权，1996年获得军事运筹学二级学科硕士学位授予权，2003年获得作战指挥学二级学科博士学位授予权，2006年获得军事运筹学二级学科博士学位授予权，2011年获得军队指挥学一级学科博士学位授予权。本学科针对舰艇作战指挥、兵力运用及运筹谋略问题进行系统性研究，具有理论与应用、战术与技术、构模与仿真、决策与评估紧密结合的特点，对提高作战指挥与运筹的科学性、作战应用的有效性，形成和发展独特的舰艇作战指挥与运筹理论具有重要作用。